La Hermandad de las Aguas mantiene una intensa actividad a través de su diputación de caridad para ayudar al prójimo, organizando eventos lúdicos o campeonatos deportivos para recaudar fondos o alimentos. Es patrona de la Fundación Casco Antigua, contribuyendo al mantenimiento de su economato social, mediante el cual mantienen la alimentación mensual de hermanos y devotos con el abono de su comida. Además de participar en la Acción Conjunta de las Hermandades del Lunes Santo, colaboran con diversas asociaciones, como Zaqueo u otras hermandades. Asimismo, sufragan todo el pan que consumen el orfanato del convento San José de la Montaña.